บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติ ดำเนินการสอนหลักสูตรปริญญาโท 15 สาขาวิชา และหลักสูตรประกาศนียบัตร 1 สาขาวิชา ดังนี้

     หลักสูตรสังคมสงเคราะห์ศาสตรมหาบัณฑิต (M.S.W.)
          • สาขาวิชาการบริหารสวัสดิการสังคม
     หลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต (M.B.A.)
     หลักสูตรการจัดการมหาบัณฑิต (M.M.)
          • สาขาวิชาการจัดการอุตสาหกรรม
     หลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต (M.A.)
          • สาขาวิชาภาษาและวรรณคดีจีน
          • สาขาวิชาการสื่อสารภาษาไทยเป็นภาษาที่สอง
          • สาขาวิชาภาษาอังกฤษระดับสูงเพื่อการสื่อสาร
          • สาขาวิชาการสอนภาษาจีน
          • สาขาวิชาภาษาจีนเพื่อการสื่อสารเชิงธุรกิจ
     หลักสูตรพยาบาลศาสตรมหาบัณฑิต (M.N.S.)
          • สาขาวิชาการพยาบาลเวชปฏิบัติชุมชน
     หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต (M.Pharm.)
          • สาขาวิชาเทคโนโลยีเภสัชกรรม
     หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (M.S.)
          • สาขาวิชาวิทยาศาสตร์เครื่องสำอาง
          • สาขาวิชาการจัดการสิ่งแวดล้อมและความปลอดภัย
     เทคนิคการแพทยมหาบัณฑิต  (M.MT.)
ซึ่งจัดให้มีการเรียนการสอนในวันเสาร์ - วันอาทิตย์ และวันธรรมดา (บางวัน) ภาคค่ำ โดยเชิญคณาจารย์ผู้ทรงคุณวุฒิและมากด้วยประสบการณ์เป็นผู้ดำเนินการสอน