มหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติเริ่มมีหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาหลักสูตรแรก คือหลักสูตรสังคมสงเคราะห์ศาสตรมหาบัณฑิต สาขาการจัดการโครงการสวัสดิการสังคม ในปีการศึกษา 2535 ภายใต้การกำกับดูแลของคณะสังคมสงเคราะห์ศาสตร์และสวัสดิการสังคม ต่อมาในปีการศึกษา 2537 ได้จัดตั้งบัณฑิตศึกษา เพื่อดูแลรับผิดชอบงานบัณฑิตศึกษา ในปีการศึกษา 2539 คณะบริหารธุรกิจได้เปิดหลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต
ในปีการศึกษา 2545 ได้มีการเปิดหลักสูตรสหสาขาวิชาคือ หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการระบบสุขภาพ
ในปีการศึกษา 2548 คณะพยาบาลศาสตร์ได้เปิดหลักสูตรพยาบาลศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการพยาบาล เวชปฏิบัติชุมชน และคณะบริหารธุรกิจได้เปิดหลักสูตรการจัดการมหาบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการอุตสาหกรรม ปีการศึกษา 2550 คณะศิลปศาสตร์ ได้เปิดหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาวรรณคดีจีนสมัยใหม่และร่วมสมัย ซึ่งเป็นหลักสูตรที่เป็นความร่วมมือกันกับมหาวิทยาลัยหัวเฉียว ประเทศสาธารณรัฐประชาชนจีน ปีการศึกษา 2551 มีการเปิดหลักสูตรในระดับบัณฑิตศึกษาเพิ่มขึ้นอีก 2 คณะวิชา คณะเภสัชศาสตร์เปิด 2 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์เครื่องสำอาง และหลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีเภสัชกรรม ส่วนคณะนิเทศศาสตร์เปิดหลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต สาขาวิชาการสื่อสารสุขภาพ
ในปีการศึกษา 2552 คณะนิเทศศาสตร์ได้เปิดหลักสูตรนิเทศศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการสื่อสารสุขภาพ และคณะพยาบาลศาสตร์เปิดหลักสูตรพยาบาลศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการพยาบาลผู้ใหญ่ และคณะศิลปศาสตร์เปิดหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการสื่อสารภาษาไทยเป็นภาษาที่สอง
ในปีการศึกษา 2554 คณะศิลปศาสตร์ได้เปิดหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาภาษาอังกฤษระดับสูง เพื่อการสื่อสาร คณะภาษาและวัฒนธรรมจีนเปิด 2 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาภาษาจีนเพื่อการสื่อสารเชิงธุรกิจ และหลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการสอนภาษาจีน และคณะสาธารณสุขศาสตร์และสิ่งแวดล้อมเปิดหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการสิ่งแวดล้อมและความปลอดภัย
ในปีการศึกษา 2555 คณะสังคมสงเคราะห์ศาสตร์และสวัสดิการสังคม เปิดหลักสูตรระดับปริญญาเอก คือหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชานโยบายและการบริหารสวัสดิการสังคม ถือเป็นหลักสูตรระดับดุษฎีบัณฑิตหลักสูตรแรกของมหาวิทยาลัย
ในปีการศึกษา 2556 ได้รับการอนุมัติเปิดหลักสูตรใหม่ 1 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรสังคมสงเคราะห์ศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารสวัสดิการสังคม
ในปีการศึกษา 2557 ได้รับการอนุมัติเปิดหลักสูตรใหม่ 1 หลักสูตร ได้แก่ หลักสูตรเทคนิคการแพทยมหาบัณฑิต